公路、內(nèi)河聯(lián)合貨物運輸業(yè)務(wù)，是指其一項貨物運輸業(yè)務(wù)由兩個或兩個以上的運輸單位（或個人）共同完成的貨物運輸業(yè)務(wù)。運輸單位（或個人）應(yīng)以收取的全部價款向付款人開具貨運發(fā)票，合作運輸單位（或個人）以向運輸單位（或個人）收取的全部價款向該運輸單位（或個人）開具貨運發(fā)票，運輸單位（或個人）應(yīng)以合作運輸單位（或個人）向其開具的貨運發(fā)票作為差額繳納營業(yè)稅的扣除憑證。

　　納稅人需要注意的是，如果沒有取得合作運輸單位（或個人）開具的貨運發(fā)票，則必須全額繳納營業(yè)稅。在選擇合作伙伴時，應(yīng)要求對方能夠提供貨運發(fā)票，避免帶來不必要的損失。

　　發(fā)票“運價”和“里程”不再是必填項

　　在新版發(fā)票使用過程中，存在無法明確或難以計算單位運價和運費里程的情況，給納稅人準確填開發(fā)票也帶來了一些不必要的麻煩?！锻ㄖ芬?guī)定，“運價”和“里程”兩項內(nèi)容可不填列。

　　除這兩項之外，準予計算增值稅進項稅額扣除的貨運發(fā)票發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運費金額等項目填寫必須齊全，與貨運發(fā)票上所列的有關(guān)項目必須相符，否則不予抵扣。

　　作廢發(fā)票須同時符合三個條件

　　對貨運發(fā)票的作廢的操作，《國家稅務(wù)總局關(guān)于使用新版公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]67號）規(guī)定為“在填開和打印時發(fā)現(xiàn)有誤的，可即時作廢，并在廢票全部聯(lián)次監(jiān)制章部位作剪口處理，在領(lǐng)購新票時交主管稅務(wù)機關(guān)查驗”。

　　納稅人需要注意的是，此項條款已經(jīng)作廢，在以后進行貨運發(fā)票作廢操作時要遵照新規(guī)定。本次《通知》規(guī)定，在開具貨運發(fā)票的當月，發(fā)生取消運輸合同、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發(fā)現(xiàn)有誤的，可即時作廢。

　　《通知》規(guī)定了作廢發(fā)票必須數(shù)據(jù)處理和紙質(zhì)處理同步，作廢貨運發(fā)票必須在公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)發(fā)票稅控系統(tǒng)（以下簡稱貨運發(fā)票稅控系統(tǒng)）開票軟件（包括自開票軟件和代開票軟件）中將相應(yīng)的數(shù)據(jù)電文按“作廢”處理，在紙質(zhì)貨運發(fā)票（含未打印貨運發(fā)票）各聯(lián)次上注明“作廢”字樣，全部聯(lián)次監(jiān)制章部位作剪口處理，在領(lǐng)購新票時交主管稅務(wù)機關(guān)查驗。

　　作廢發(fā)票必須同時具有以下情形：

　?。?）收到退回發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)的時間未超過開票方開票的當月；

　?。?）開票方未進行稅控盤（或傳輸盤）抄稅且未記賬；

　?。?）受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯(lián)認證或認證結(jié)果為“納稅人識別號認證不符”（指發(fā)票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業(yè)的納稅人識別號不符）、“發(fā)票代碼、號碼認證不符”（指機打代碼或號碼與發(fā)票代碼或號碼不符）。不符合條件的，不得進行作廢操作。

　　開具紅字貨運發(fā)票應(yīng)區(qū)分不同情況

　　受票方取得貨運發(fā)票后，發(fā)生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運費部分退回需要開具紅字發(fā)票的，應(yīng)按紅字發(fā)票開具規(guī)定進行處理。開具紅字發(fā)票時應(yīng)在價稅合計的大寫金額第一字前加“負數(shù)”字，在小寫金額前加“－”號。開具紅字貨運發(fā)票，根據(jù)具體情況的不同，有不同的處理方法。

　　第一種情況是在開具紅字發(fā)票前，如受票方尚未記賬、貨運發(fā)票全部聯(lián)次可以收回的，應(yīng)對全部聯(lián)次監(jiān)制章部位作剪口處理后，再開具紅字發(fā)票。開票方為公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)自開票納稅人（以下簡稱自開票納稅人）或代開票中介機構(gòu)的，開票方應(yīng)在領(lǐng)購新貨運發(fā)票時將剪口后的貨運發(fā)票全部聯(lián)次交稅務(wù)機關(guān)查驗并留存。

　　而第二種情況是在開具紅字發(fā)票前，如無法收回全部聯(lián)次，受票方應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)填報《開具紅字公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)發(fā)票申請單》。受票方為營業(yè)稅納稅人的，向主管地方稅務(wù)局填報《申請單》，受票方為增值稅納稅人的，向主管國家稅務(wù)局填報《申請單》。

　　《申請單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由受票方留存，第二聯(lián)由受票方主管稅務(wù)機關(guān)留存?！渡暾垎巍窇?yīng)加蓋受票方財務(wù)專用章或發(fā)票專用章。主管稅務(wù)機關(guān)對納稅人填報的《申請單》進行審核后，出具《開具紅字公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)發(fā)票通知單》?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)與《申請單》一一對應(yīng)。《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由受票方主管稅務(wù)機關(guān)留存，第二聯(lián)由受票方送交承運方留存，第三聯(lián)由受票方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機關(guān)印章。開票方憑承運方提供的《通知單》開具紅字貨運發(fā)票，紅字貨運發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對應(yīng)。承運方為自開票納稅人的，開票方即為承運方。

　　開票方為自開票納稅人或代開票中介機構(gòu)的，應(yīng)于報送稅控盤（或傳輸盤）數(shù)據(jù)時將《通知單》一并交主管稅務(wù)機關(guān)審核。開票方主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)將納稅人稅控盤（或傳輸盤）中開具紅字貨運發(fā)票情況與《通知單》進行審核、比對；比對不符的，不允許其開具紅字貨運發(fā)票并按有關(guān)規(guī)定進行處理。