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如果建筑公司與甲方在專項條款中只注明了部分材料由甲方提供，但施工合同總金額不包括甲供材料的金額，那么建筑公司不能按照簡易征收的方式開具發(fā)票。 簡易征收是指針對特定行業(yè)或特定類型的業(yè)務，在開具發(fā)票時按照一定的稅率和計算方式直接計算稅款的一種征收方式。但是，簡易征收要求業(yè)務類型和計稅依據(jù)明確、統(tǒng)一，且符合相關稅收法規(guī)的規(guī)定。 根據(jù)您提供的信息，建筑公司的業(yè)務涉及到甲方提供的材料，但是施工合同總金額不包括這部分材料費用，因此無法按照簡易征收的方式開具發(fā)票。建筑公司需要按照相關稅收法規(guī)的規(guī)定，結合實際情況計算應繳納的稅款，并按照規(guī)定開具發(fā)票。