1998年3月，第九屆全國人民代表大會第一次會議在北京隆重召開，會議決定對中華人民共和國審計署進行充分、有效的改革，改革的主要內(nèi)容為職能調(diào)整。緊接著國務(wù)院也及時下達了有關(guān)政府機構(gòu)改革的規(guī)定，其中部分涉及到了審計署。有關(guān)專家人士分析指出，上述改革來得非常及時，將對我國的審計工作的監(jiān)督、指導(dǎo)產(chǎn)生巨大的促進作用。
    
　　本次改革的主要內(nèi)容是對審計署的職能進行調(diào)整，具體分三種，一為劃出，二為新增，三為轉(zhuǎn)變。劃出的職能有：將指導(dǎo)和管理社會審計的職能劃歸財政部；減少統(tǒng)一部署的審計項目，地方審計項目由地方審計機關(guān)根據(jù)省級人民政府的要求自行安排。新增的職能有：審計監(jiān)督中央預(yù)算執(zhí)行情況和其他財政收支：審計監(jiān)督中央銀行財務(wù)收支以及國有金融機構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；組織對黨政領(lǐng)導(dǎo)干部的任期經(jīng)濟責(zé)任審計；審計監(jiān)督社會保障資金和環(huán)境保護資金。轉(zhuǎn)變的職能有：將審計派駐國務(wù)院行政部門及其直屬事業(yè)單位的審計機構(gòu)調(diào)整為派出機構(gòu)。
    
　　伴隨著職能的轉(zhuǎn)變，審計署的主要職責(zé)也有所轉(zhuǎn)變。轉(zhuǎn)變后的職責(zé)主要是：①擬定審計方針政策，參與制定審計、財經(jīng)方面的法律法規(guī)；制定審計規(guī)章制度，并監(jiān)督執(zhí)行情況，辦理地方性審計法規(guī)和規(guī)章的備案審查；組織領(lǐng)導(dǎo)、協(xié)調(diào)監(jiān)督各級審計機關(guān)的業(yè)務(wù)。②向國務(wù)院報告和向國務(wù)院有關(guān)部門通報審計情況，提出制定和完善有關(guān)政策法規(guī)、宏觀調(diào)整措施的建議。③直接進行審計的主要事項：中央財政預(yù)算執(zhí)行情況和其他財政收支；中央各部門、事業(yè)單位及下屬單位的財務(wù)收支；省級人民政府預(yù)算的執(zhí)行情況和決算；中央銀行的財務(wù)收支和中央金融機構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；國務(wù)院部門管理的和受國務(wù)院委托由社會團體管理的社會保障基金、環(huán)境保護資金、社會捐贈資金及其他有關(guān)基金、資金的財務(wù)收支；國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務(wù)收支。④向國務(wù)院總理提交中央預(yù)算執(zhí)行情況的審計結(jié)果報告；受國務(wù)院委托向全國人大常委會提出中央預(yù)算執(zhí)行情況和其他財政收支審計工作報告。⑤組織實施行業(yè)審計、專項審計和審計調(diào)查；組織地方審計機關(guān)對黨政領(lǐng)導(dǎo)干部進行任期經(jīng)濟責(zé)任審計；依法受理被審計單位對審計機關(guān)審計決定的復(fù)議申請。⑥與省級人民政府共同領(lǐng)導(dǎo)省級審計機關(guān)，協(xié)同辦理省級審計機關(guān)負(fù)責(zé)人的任免事項；管理派駐地方的審計特派員辦事處。⑦配合稽察特派員對國有重點大型企業(yè)和國家重點建設(shè)項目進行審計監(jiān)督；組織對其他國有企業(yè)和國家建設(shè)項目的審計監(jiān)督。⑧組織實施對內(nèi)部審計的指導(dǎo)與監(jiān)督；監(jiān)督社會審計組織的審計業(yè)務(wù)質(zhì)量；組織對其他國有企業(yè)和國家建設(shè)項目的審計監(jiān)督。⑨組織實施對內(nèi)部審計的指導(dǎo)與監(jiān)督；監(jiān)督社會審計組織的審計業(yè)務(wù)質(zhì)量；組織審計專業(yè)培訓(xùn)。
    
　　審計署的職能、職責(zé)都變化了，那么履行它們的機構(gòu)設(shè)置及人員編制當(dāng)然也要同步變化。國務(wù)院本著精簡的原則，對審計署的機構(gòu)及人事作了如下變動：首先把審計署的機構(gòu)設(shè)置為三大部分，第一部分為內(nèi)設(shè)機構(gòu)，包含12個職能司(廳)，機關(guān)行政編制為450名(含派出審計機構(gòu)人員編制)。各司(廳)的名稱和編制分別是：辦公廳，編制42名；法制司，編制18名；財政審計司，編制22名；金融審計司，編制22名；行政事業(yè)審計司，編制16名；經(jīng)貿(mào)審計司，編制24名；農(nóng)業(yè)與資源環(huán)保審計司，編制16名；社會保障審計司，編制14名；固定資產(chǎn)投資審計司，編制18名；外資運用審計司，編制16名；外事司，編制10名；人事教育司，編制16名。
    
　　第二部分為派出機構(gòu)。改革后的審計署擬設(shè)30個左右、現(xiàn)在實際已設(shè)立了25個派出機構(gòu)。每個派出審計機構(gòu)審計一個或幾個國務(wù)院部門、國務(wù)院直屬事業(yè)單位及其在京下屬單位的財務(wù)收支。各個派出機構(gòu)的名稱和編制分別是：外交外事審計局，編制8名；發(fā)展計劃審計局，編制7名；經(jīng)濟審計一局，編制7名；經(jīng)濟審計二局，編制8名；貿(mào)易審計局，編制8名；國防工業(yè)審計局，編制6名；教育審計局，編制7名；科學(xué)技術(shù)審計局，編制7名；政法審計局，編制7名；民族宗教審計局，編制6名；監(jiān)察人事審計局，編制6名；資源環(huán)保審計局，編制8名；社會保障審計局，編制7名；建設(shè)建材審計局，編制8名；交通運輸審計局，編制16名；信息郵政審計局，編制8名；農(nóng)林水審計局，編制8名；文化體育審計局，編制7名；衛(wèi)生藥品審計局，編制8名；海關(guān)審計局，編制7名；經(jīng)濟執(zhí)法審計局，編制7名；新聞通訊審計局，編制8名；旅游僑務(wù)審計局，編制7名；科學(xué)工程審計局，編制7名；地震氣象審計局，編制7名。除交通運輸審計局下設(shè)4個處外，其他各局均下設(shè)2個處。
    
　　第三部分為派駐機構(gòu)。按照改革方案，審計署根據(jù)需要，跨地區(qū)派駐若干個審計特派員辦事處。特派員辦事處根據(jù)審計署的授權(quán)和安排，審計省級財政預(yù)算執(zhí)行情況和決算；審計海關(guān)總署、國家稅務(wù)總局、中央國庫駐地方分支機構(gòu)的財務(wù)收支；審計中國人民銀行、中央國有金融機構(gòu)、證券公司駐地方分支機構(gòu)的財政財務(wù)收支；審計監(jiān)督省級人民政府管理的資源環(huán)保資金、社會保障資金和其他專項資金；參加對派有稽察特派員的國有重點大型企業(yè)、國家重點建設(shè)項目和其他國有企業(yè)、國家建設(shè)項目的審計監(jiān)督；承辦審計署交辦的事項。審計署原設(shè)有16個駐地方特派員辦事處：上海、南京、武漢、長沙、廣州、深圳、成都、昆明、濟南、鄭州、太原、西安、蘭州、沈陽、哈爾濱和京津冀(設(shè)在天津)，共有編制2200多名，到目前為止，機構(gòu)、人員等尚未進行改革。
    
　　通過上述幾個方面的改革，我國審計署的機構(gòu)設(shè)置及人員編制顯得更趨合理，也更能適應(yīng)當(dāng)前新形勢的需要，為我國經(jīng)濟的持續(xù)發(fā)展提供審計方面的保障和護航。