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根據《中華人民共和國農民專業(yè)合作社法》和《中華人民共和國農民專業(yè)合作社登記管理條例》的規(guī)定，農民專業(yè)合作社需要在工商行政管理部門進行注冊登記，并在每個會計年度結束后的規(guī)定時間內提交年度報告。 因此，如果村集體經濟的合作聯合社是在工商行政管理部門注冊登記的農民專業(yè)合作社，那么它需要按照規(guī)定提交年度報告。 至于為什么組織部農經辦說不用做，可能是對該法規(guī)和政策的理解和執(zhí)行存在差異。建議您可以向當地工商行政管理部門或者農業(yè)部門咨詢相關政策和規(guī)定，以確定是否需要進行年度報告。