《企業(yè)所得稅法實施條例》第四十一條規(guī)定，企業(yè)撥繳的職工工會經(jīng)費，不超過工資、薪金總額2%的部分，準予扣除。為此，建立工會組織的企業(yè)，根據(jù)《工會法》、《中國工會章程》和財政部頒布的《工會會計制度》，以及財政票據(jù)管理的有關規(guī)定，在撥繳工會經(jīng)費時，應取得合法的扣除憑證。隨著《全國總工會財務部關于印發(fā)〈工會經(jīng)費收入專用收據(jù)使用管理暫行辦法〉的通知》(工財字[2010]119號)、《國家稅務總局關于工會經(jīng)費企業(yè)所得稅稅前扣除憑據(jù)問題的公告》(國家稅務總局公告[2010]24號)、《國家稅務總局關于稅務機關代收工會經(jīng)費企業(yè)所得稅稅前扣除憑據(jù)問題的公告》(國家稅務總局公告[2011]30號)的公布施行以及各地工會組織為適應市場經(jīng)濟發(fā)展要求，相繼采取了由稅務機關代收工會經(jīng)費的方式，因而，納稅人在2010年度匯算清繳中應對工會經(jīng)費在扣除憑證方面，區(qū)分以下三種情形予以稅前扣除。
一、2010年7月1日前憑《工會經(jīng)費撥繳款專用收據(jù)》稅前扣除。
《國家稅務總局關于工會經(jīng)費稅前扣除問題的通知》(國稅函[2000]678號)、《全國總工會、國家稅務總局關于進一步加強工會經(jīng)費稅前扣除管理的通知》(總工發(fā)[2005]9號)、《全總辦公廳關于基層工會組織籌建期間撥繳工會經(jīng)費(籌備金)事項的通知》(總工辦發(fā)[2004]29號)規(guī)定，建立工會組織的企業(yè)、事業(yè)單位、社會團體，按每月全部職工工資總額的2%向工會撥交的工會經(jīng)費、工會經(jīng)費（籌備金），憑工會組織開具的《工會經(jīng)費撥繳款專用收據(jù)》在稅前扣除。凡不能出具《工會經(jīng)費撥繳款專用收據(jù)》的，其提取的職工工會經(jīng)費不得在企業(yè)所得稅前扣除。這里需要特別提醒的是，全國總工會決定從2010年7月1日起，啟用財政部統(tǒng)一印制并套印財政部票據(jù)監(jiān)制章的《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》，同時廢止《工會經(jīng)費撥繳款專用收據(jù)》。
二、2010年7月1日起憑《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》稅前扣除。
國家稅務總局公告2010年第24號規(guī)定，自2010年7月1日起，企業(yè)撥繳的職工工會經(jīng)費，不超過工資薪金總額2%的部分，憑工會組織開具的《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》在企業(yè)所得稅稅前扣除。工會組織按照《工會法》、《中國工會章程》的有關規(guī)定取得以下工會經(jīng)費收入時，應當開具由財政部統(tǒng)一印制的《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》。
三、自2010年1月1日起工會經(jīng)費代收憑證也可作為稅前扣除依據(jù)。
為加強和規(guī)范工會經(jīng)費的征繳管理，全國各地工會相繼制定了委托地方稅務機關代收工會經(jīng)費的制度，并賦予了相應的征收、管理、檢查等權(quán)限。由于此前，稅務機關代收工會經(jīng)費出具的收費憑據(jù)是否可以作為稅前扣除的依據(jù)并沒有明確。為進一步加強對工會經(jīng)費企業(yè)所得稅稅前扣除的管理，國家稅務總局公告2011年第30號就稅務機關代收工會經(jīng)費稅前扣除憑據(jù)作出規(guī)定，自2010年1月1日起，在委托稅務機關代收工會經(jīng)費的地區(qū)，企業(yè)撥繳的工會經(jīng)費，也可憑合法、有效的工會經(jīng)費代收憑據(jù)依法在稅前扣除。
這里“合法、有效的工會經(jīng)費代收憑據(jù)”，應包括各級工會交由稅務機關使用的《工會經(jīng)費(籌備金)專用繳款書》（用于銀行轉(zhuǎn)賬）、《工會經(jīng)費(籌備金)專用繳款憑證》（用于收取現(xiàn)金）、《代收工會經(jīng)費通用繳款書》和《中華人民共和國專用稅收繳款書》等相關扣繳憑證，也就是說，企業(yè)今后可憑上述憑證進行稅前扣除。
需要說明的是，根據(jù)《中華全國總工會關于調(diào)整工會經(jīng)費上繳辦法的通知》(總工發(fā)[2004]9號)和關于貫徹中華全國總工會《關于調(diào)整工會經(jīng)費上繳辦法的通知》的通知(工財字[2004]42號)的規(guī)定，從2004年起，基層工會經(jīng)費分成比例，由原規(guī)定不少于60%調(diào)整為不少于40%。根據(jù)上述分成原則，已建立工會組織的企業(yè)40%部分工會經(jīng)費由地稅部門代收后，憑地稅部門開具的繳款憑證依法稅前列支;留用的60%部分工會經(jīng)費，仍必須憑工會部門開具的《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》，方可在稅前扣除。
因此，納稅人在工會經(jīng)費的稅前扣除方面除應在扣除原則、計提基數(shù)、扣除范圍等方面在符合稅收的相關規(guī)定外，在扣除憑證方面還應對企業(yè)自行撥繳的工會經(jīng)費及稅務機關代征的工會經(jīng)費在扣除憑證的時限規(guī)定上予以區(qū)分處理，并在2010年度匯算清繳中正確處理上述事項。