在商譽會計理論問題中，討論最為激烈持續(xù)時間最為長久的是商譽確認的問題。由于確認是計量、記錄、告的前提與基礎(chǔ)，有關(guān)商譽會計處理的很多問題是由確認問題引起的。因此，商譽的確認是極其重要的。
首先是自創(chuàng)商譽的確認。在自創(chuàng)商譽的確認問題上，目前會計實務(wù)界還沒有應(yīng)用，就是理論界也很少有支持者。雖然大多數(shù)人承認自創(chuàng)商譽的存在，但各國會計準則都沒有明確的規(guī)定。國際會計準則委員會所發(fā)布的IAS22和我國的《具體會計準則》，均明確規(guī)定只有出現(xiàn)合并商譽時才作為一項資產(chǎn)入賬，這就限定了商譽確認的時間只能是在一個企業(yè)購買或合并另一企業(yè)時。英國的標準會計慣例公告《商譽會計》指出：合并商譽與自創(chuàng)商譽的特性沒有差別，然而由于特定時間上發(fā)生的市場交易這個事實，盡管對企業(yè)的計價是主觀的，合并商譽的價值可以被確定，而自創(chuàng)商譽是不可能的。這不僅反映了英國會計界對商譽的看法，而且也反映了會計界對商譽會計處理的一般態(tài)度：對合并商譽進行確認和計量；而自創(chuàng)商譽由于各種原因，不進行確認和計量。
其次是合并商譽的確認。合并商譽產(chǎn)生于企業(yè)合并，國外一些成功的企業(yè)合并表明，合并商譽占收購價格比重越來越大，因此應(yīng)正確地確認合并商譽，否則將有悖于被并購方會計信息的真實性、完整性。
合并商譽的確認，依據(jù)不同的合并方式將產(chǎn)生不同的確認問題。一方面是同一控制下的企業(yè)合并中商譽的確認問題。同一控制下的企業(yè)合并，是指在一方或多方控制的情況下，一個企業(yè)獲得另一個或多個企業(yè)的股權(quán)或凈資產(chǎn)的行為。其主要特征是參與合并的各方，在合并前后均受同一方或相同的多方控制，并且不是暫時性的。對于這種情況我國新會計準則規(guī)定：合并方在企業(yè)合并中取得的資產(chǎn)和負債，應(yīng)當按照合并日被合并方的賬面價值計量；合并方取得的凈資產(chǎn)賬面價值與支付的合并價款的差額，應(yīng)當調(diào)整資本公積；資本公積不足沖減的，調(diào)整留存收益�？梢娫谶@種合并方式下是不確認合并商譽的。另一方面是非同一控制下的企業(yè)合并中商譽的確認問題。非同一控制下的企業(yè)合并，指不存在一方或多方控制的情況卞，一個企業(yè)購買另一個或多個企業(yè)入股權(quán)或凈資產(chǎn)的行為。其主要特征是參與合并的各方，在合并前后均不屬于同一方或多方最終控制。在非同一控制下的企業(yè)合并中采用的是購買法，即實施合并的企業(yè)以現(xiàn)金或其它非現(xiàn)金資產(chǎn)作為合并支付代價，購買被合并企業(yè)的凈資產(chǎn)而實現(xiàn)企業(yè)合并的會計處理方法。在購買法下，實施合并的企業(yè)在合并日，將購買的被合并企業(yè)的可辨認凈資產(chǎn)的公允價值記入實施合并企業(yè)的資產(chǎn)和負債，合并成本超過被合并企業(yè)可辨認凈資產(chǎn)公允價值的差額作為合并商譽。