保稅港區(qū)的諸多優(yōu)惠政策不是對現(xiàn)行優(yōu)惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發(fā)揮更大的政策效應。
保稅港區(qū)是設立在國家對外開放的口岸港區(qū)和與之相連的特定區(qū)域內，它具有保稅區(qū)、保稅物流園和出口加工區(qū)“三區(qū)合一”的政策優(yōu)勢，還兼?zhèn)涮赜械目诎恫僮鞴δ堋?
保稅港區(qū)可以存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續(xù)的貨物、國際轉口貿易、國際采購、分銷和配送、國際中轉、檢測和售后服務維修、商品展示、研發(fā)、加工、制造、港口作業(yè)等功能，享受保稅區(qū)、出口加工區(qū)相關的稅收和外匯管理政策。
目前，保稅港區(qū)的諸多優(yōu)惠政策不是對現(xiàn)行優(yōu)惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發(fā)揮更大的政策效應。即：境外貨物入港區(qū)保稅；貨物出港區(qū)進入國內銷售按貨物進口的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，并按貨物實際狀態(tài)征稅；國內貨物入港區(qū)視同出口，實行退稅；港區(qū)內企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費稅。
港區(qū)與境外的監(jiān)管及稅收
港區(qū)海關對進、出口的貨物實行備案制管理，對從境外進入保稅港區(qū)的貨物予以保稅。
1.從境外進入港區(qū)的貨物，海關免征進口關稅和進口環(huán)節(jié)海關代征稅，主要包括：區(qū)內生產性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和建設生產廠房、倉儲設施所需的基建物資；區(qū)內企業(yè)生產所需的機器、設備、模具及其維修用零配件；區(qū)內企業(yè)和行政管理機構自用合理數(shù)量的辦公用品。
2.從境外進入港區(qū)，供區(qū)內企業(yè)和行政管理機構自用的交通運輸工具、生活消費用品，海關按照有關規(guī)定征收進口關稅和進口環(huán)節(jié)海關代征稅。
3.從港區(qū)運往境外的貨物免征出口關稅，但法律、行政法規(guī)另有規(guī)定的除外。
港區(qū)與區(qū)外的監(jiān)管及稅收
區(qū)外貨物進入港區(qū)的，按照規(guī)定簽發(fā)出口貨物報關單證（出口退稅專用聯(lián)）。
1.從區(qū)外進入港區(qū)，供港區(qū)內企業(yè)開展業(yè)務的國產貨物及其包裝物料、轉關出口的貨物，海關按照對出口貨物的有關規(guī)定辦理，簽發(fā)出口貨物報關單（出口退稅專用聯(lián)）。
2.從區(qū)外進入港區(qū)，供港區(qū)行政管理機構和區(qū)內企業(yè)使用的國產基建物資、機器、裝卸設備、管理設備、辦公用品等，海關按照對出口貨物的有關規(guī)定辦理，簽發(fā)出口貨物報關單（出口退稅專用聯(lián)）。
3.從區(qū)外進入港區(qū)，供港區(qū)行政管理機構和區(qū)內企業(yè)使用的生活消費用品和交通運輸工具，海關不予簽發(fā)出口貨物報關單（出口退稅專用聯(lián)）。
4.從區(qū)外進入港區(qū)的原進口貨物、包裝物料、設備、基建物資等，區(qū)外企業(yè)應當向海關提供上述貨物或者物品的清單，按照出口貨物的有關規(guī)定辦理申報手續(xù)，海關不予簽發(fā)出口貨物報 關單（出口退稅專用聯(lián)），原已繳納的關稅、進口環(huán)節(jié)海關代征稅不予退還。
5.區(qū)內貨物到區(qū)外進行各種加工、維修等活動，比照境外貨物進入境內辦理。
6.區(qū)外進入港區(qū)內的貨物，如需退運到區(qū)外的，屬于尚未辦理出口退（免）稅手續(xù)的，可以向港區(qū)主管海關辦理退運手續(xù)。
7.因不可抗力造成貨物損毀、滅失的部分貨物，可以退換為與損毀貨物相同或者類似的貨物，屬于尚未辦理出口退稅手續(xù)的，可以向港區(qū)主管海關辦理退運手續(xù)；屬于已經辦理出口退稅手續(xù)的，按照進境貨物運往區(qū)外的有關規(guī)定進行征稅。
港區(qū)與區(qū)域的監(jiān)管及稅收
海關對于港區(qū)與其他海關特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間往來的貨物，實行保稅監(jiān)管，不予簽發(fā)出口貨物報關單（出口退稅專用聯(lián)）。
1.港區(qū)與其他海關特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間的流轉貨物，不征收進、出口環(huán)節(jié)的有關稅收。
2.承運港區(qū)與其他海關特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間往來貨物的運輸工具，應當符合海關監(jiān)管要求。
港區(qū)內的監(jiān)管及稅收
保稅港區(qū)內貨物可以自由流轉；港區(qū)內企業(yè)不實行加工貿易銀行保證金臺賬和合同核銷制度，海關對港區(qū)內加工貿易貨物不實行單耗標準管理。港區(qū)內企業(yè)加工、生產的貨物,凡屬于貨物直接出口和銷售給區(qū)內企業(yè)的,免征增值稅、消費稅；港區(qū)內企業(yè)出口到境外或國內的貨物,不予辦理退稅。
如果因保管不善等非不可抗力因素造成損毀、滅失的貨物，如是從境外進入港區(qū)的貨物，港區(qū)內企業(yè)應當按照一般貿易進口貨物的規(guī)定，按照海關審定的貨物損毀或滅失前的完稅價格，以貨物損毀或滅失之日適用的稅率、匯率繳納關稅、進口環(huán)節(jié)海關代征稅；如是從區(qū)外進入港區(qū)的貨物，港區(qū)內企業(yè)應當重新繳納因出口而退還的國內環(huán)節(jié)有關稅收，海關據此辦理核銷手續(xù)，已繳納出口關稅的，不予以退還。
出口退（免）稅的辦理
對于區(qū)外企業(yè)進入保稅港區(qū)享受出口退（免）稅的貨物，具體申報應比照《國家稅務總局關于洋山保稅港區(qū)等海關監(jiān)管特殊區(qū)域有關稅收問題的通知》（國稅函〔2006〕1226號）、《國家稅務總局關于印發(fā)〈出口加工區(qū)稅收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕155號）、《國家稅務總局關于出口加工區(qū)耗用水、電、氣準予退稅的通知》（國稅發(fā)〔2002〕116號）和《國家稅務總局關于蕪湖出口加工區(qū)基建物資出口退稅的批復》（國稅函〔2004〕805號）的規(guī)定執(zhí)行，享受出口加工區(qū)的稅收政策。