1、啟動條件不同。
仲裁的前提是當(dāng)事人雙方達成仲裁協(xié)議，表明自愿將爭議提交仲裁機關(guān)，沒有相關(guān)條款，仲裁機構(gòu)不予受理。而民事訴訟不需要雙方協(xié)商，只要一方的起訴符合法定條件法院就會受理。如選擇了仲裁，就不能到法院進行訴訟，即你自己已放棄了訴訟的權(quán)利，所以認(rèn)為仲裁和訴訟可并存是錯誤的。
由此可見，解決合同糾紛選擇方式，相當(dāng)于選擇飯館子——火鍋店還是肯德基，二選一，你不能去肯德基吃火鍋吧。選擇了一種，下一種你就只能等下次餓的時候再說了。
2、機構(gòu)不同。
仲裁委是由人民政府組織有關(guān)部門（法制局）和商會統(tǒng)一組建，其監(jiān)督機構(gòu)是中國仲裁協(xié)會，其仲裁員大多是律師和政府機構(gòu)人員兼職從事；法院的機構(gòu)是國家法律的審判機構(gòu)。
簡單地說，仲裁就是雙方當(dāng)事人在訂立合同就約定以后出現(xiàn)糾紛時叫某仲裁機構(gòu)做“娘舅”，一旦裁定對雙方都有法律效力，相對于法院這種刀兵相見的地方，仲裁機構(gòu)還是較為柔和的。
3、訴訟實行地域管轄和級別管轄，仲裁則實行協(xié)議管轄。
當(dāng)事人之間約定仲裁條款或簽訂仲裁協(xié)議時，可以在全國范圍內(nèi)選擇確定裁決水平高、信譽好的仲裁機構(gòu)，當(dāng)事人有權(quán)選擇仲裁員。人民法院分為四級，當(dāng)事人之間發(fā)生民事爭議，由哪一級法院管轄，由哪個地區(qū)的法院管轄，法律有明確規(guī)定。無管轄權(quán)的法院不得隨意受理民事爭議的案件，當(dāng)事人也不得隨意選擇，審判人一律員由人民法院決定。
簡單的理解，挑仲裁機構(gòu)就像挑婚禮司儀一樣，會說會調(diào)解的自然好辦事，價格也會貴一些；法院維護法律尊嚴(yán)，是強制性的，自然沒得挑。
4、程序不同。
仲裁實行一審終局制。當(dāng)事人不得就同一事實再次申請仲裁，也不能向人民法院再行起訴、上訴。而民事訴訟可經(jīng)過一審、二審和再審三個階段。并且仲裁一般不公開審理，這有利于保守當(dāng)事人的商業(yè)秘密。而民事訴訟無特殊情況必須公開審理。