問：我公司是一家注冊(cè)于無錫市錫山區(qū)的合資企業(yè)，在中國(guó)其他地區(qū)還設(shè)有四家分支機(jī)構(gòu)（分別設(shè)于上海/北京/廣州/深圳），其中深圳分公司享有18%的特區(qū)優(yōu)惠稅率，即四家公司實(shí)行25%的稅率，一家公司實(shí)行18%的稅率。根據(jù)國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》的通知第十六條，關(guān)于總分機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)，應(yīng)先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得稅額，然后依照本辦法的規(guī)定及相應(yīng)權(quán)重比率計(jì)算劃分不同稅率機(jī)構(gòu)的應(yīng)稅所得額，再分別按總分機(jī)構(gòu)適用稅率計(jì)算應(yīng)納所得稅額。

　　由于年終匯算清繳時(shí)，僅由總機(jī)構(gòu)進(jìn)行匯總納稅企業(yè)的年度匯繳。因此請(qǐng)問，上述第十六條辦法所規(guī)定的不同稅率總分機(jī)構(gòu)分別計(jì)算應(yīng)稅所得額及應(yīng)稅額是僅指季度預(yù)繳？還是說年終匯算清繳也一并適用？如此條辦法不適用于年終匯算清繳，那請(qǐng)問像我深圳分公司是否在年終應(yīng)稅所得額進(jìn)行納稅調(diào)整后就無法繼續(xù)享受國(guó)家過渡期優(yōu)惠稅率的政策？

　　答：《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國(guó)稅函[2009]221號(hào)）關(guān)于總分支機(jī)構(gòu)適用不同稅率時(shí)企業(yè)所得稅款計(jì)算和繳納問題規(guī)定，預(yù)繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后按照國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額后加總計(jì)算出企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額。再按照國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，向總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偩偷仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅款。 匯繳時(shí)，企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額應(yīng)按上述方法并采用各分支機(jī)構(gòu)匯算清繳所屬年度的三因素計(jì)算確定。

　　除《國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)）、《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財(cái)稅[2008]1號(hào)）和《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實(shí)國(guó)務(wù)院關(guān)于實(shí)施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關(guān)問題的通知》（財(cái)稅[2008]21號(hào)）有關(guān)規(guī)定外，跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的計(jì)算方法計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅，應(yīng)按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。

　　《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》第三條規(guī)定，企業(yè)實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。

　　第六條規(guī)定，就地預(yù)繳，是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。

　　第十六條規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額。

　　根據(jù)上述規(guī)定，國(guó)稅發(fā)[2008]28號(hào)文第十六條的規(guī)定適用于季度預(yù)繳及年終匯算清繳。但只有國(guó)發(fā)[2007]39號(hào)、財(cái)稅[2008]1號(hào)和財(cái)稅[2008]21號(hào)文中有關(guān)規(guī)定存在跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)總分支機(jī)構(gòu)適用不同稅率的情況，并按上述總分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的計(jì)算方法計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅，其他均應(yīng)按照企業(yè)法人適用統(tǒng)一稅率計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。