一、制劑收支核算問題。新制度取消"制劑收入"和"制劑支出"兩個科目，制劑收支核算通過"在加工材料"、"藥品"等科目進(jìn)行，這對監(jiān)控醫(yī)院制劑生產(chǎn)。簡化制劑收支核算有較大的作用，但也使醫(yī)院難以掌握制劑生產(chǎn)和經(jīng)營效益情況。不利于醫(yī)院對制劑生產(chǎn)的經(jīng)營決策。筆者認(rèn)為，應(yīng)在新制度"在加工材料"、"藥品"和"庫存物資"科目中設(shè)置"制劑"二級科目，在制劑室設(shè)置一套制劑生產(chǎn)輔助明細(xì)帳，詳細(xì)核算制劑生產(chǎn)的收入、支出和結(jié)余，每月制劑輔助明細(xì)帳與醫(yī)院會計相關(guān)科目核對相符。制劑輔助明細(xì)帳由制劑人員兼職辦理，以便于核算，提高會計核算準(zhǔn)確度。 

　　二、獎金發(fā)放問題。新制度取消"職工獎勵基金"、"院長基金"和"業(yè)余服務(wù)收入提成"明細(xì)科目，取消了舊的獎金發(fā)放辦法，但對獎金的計提和發(fā)放沒有作出新的規(guī)定。這就不可避免地出現(xiàn)如下問題："不管醫(yī)院經(jīng)營效益如何，或盈或虧，均可隨意發(fā)放獎金，很容易造成分光吃光，使國有資產(chǎn)流失，影響衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展。筆者認(rèn)為，應(yīng)盡快制定獎金計提發(fā)放辦法，規(guī)定獎金的計提比例和核算科目。提獎比例應(yīng)定為收支結(jié)余的30%為宜，獎金支出列人相關(guān)科目的。其他工資"，具體發(fā)放辦法由各地財政局與衛(wèi)生局聯(lián)合制定。 

　　三、藥品"核定收入、超收上繳"問題。新制度規(guī)定，醫(yī)院藥品收入實行"核定收入、超收上繳"的管理辦法，這是國家治理整頓藥品市場的重大措施。但由于對藥品收入比例沒有具體規(guī)定，使各地難以正確貫徹執(zhí)行。筆者認(rèn)為，各地主管部門應(yīng)根據(jù)各類醫(yī)院的不同情況，合理制定藥品收入比例的標(biāo)準(zhǔn)，不能摘一刀切，并且實行分步到位，逐年下降。目前，綜合醫(yī)院按下列比例較為合理:一級醫(yī)院(鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院)設(shè)備簡單，醫(yī)院收入少，業(yè)務(wù)收入主要靠門診藥品銷售，因而藥品收入比例可相對高些，可定在50%一70%；二級醫(yī)院(縣級醫(yī)院和城市小醫(yī)院)，醫(yī)療設(shè)備一般，可定在50%左右；三級醫(yī)院(大中型醫(yī)院)高、新設(shè)備多，醫(yī)療環(huán)境好，醫(yī)療收人高，可定在45%以下；專科醫(yī)院可根據(jù)不同病種的用藥情況來確定。 

　　四、業(yè)務(wù)收支明細(xì)表問題。新制度的"業(yè)務(wù)收支明細(xì)表"，橫欄取消了"管理費用"項目，將"管理費用"的所有縱欄支出項耳每月直接攤?cè)?quot;醫(yī)療支出"，"藥品支出"和"在加工材料"相關(guān)項目內(nèi)，"管理費用"所有的明細(xì)支出項目全部消失，這就不利于對管理部門的費用進(jìn)行財務(wù)預(yù)算的編制、監(jiān)督及分析，不利于降低成本費用支出的經(jīng)營決策。筆者認(rèn)為，應(yīng)在業(yè)務(wù)收支明細(xì)表橫欄增設(shè)"管理費用"項目，在項目縱欄最后增加一項"管理費用"。 

　　五、壞帳準(zhǔn)備問題。新制度規(guī)定"醫(yī)院應(yīng)按年末應(yīng)收醫(yī)療款和應(yīng)收在院病人醫(yī)藥費科目余額的3%一5%計提壞帳準(zhǔn)備。"這是為了解決醫(yī)療欠費問題的一項重大改革，是醫(yī)院正確核算收支結(jié)余的一項重要措施。筆者認(rèn)為，這項規(guī)定尚缺乏合理性和科學(xué)性：（1）應(yīng)收在院病人醫(yī)院費科目余額包含預(yù)收醫(yī)療款，應(yīng)收在院病人醫(yī)藥費減去預(yù)收醫(yī)療款的凈額才是醫(yī)療欠費。因此，壞帳準(zhǔn)備的計提基數(shù)應(yīng)為:"應(yīng)收在院病人醫(yī)藥費減預(yù)收醫(yī)療款加應(yīng)收醫(yī)療款之和。（2）醫(yī)院按年末應(yīng)收醫(yī)療款和應(yīng)收在院病人醫(yī)藥費的3%一5%計提壞帳準(zhǔn)備，而企業(yè)按3‰一5‰計提壞帳準(zhǔn)備，醫(yī)院與企業(yè)相比大10倍，使醫(yī)院經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)過重，易使國有資產(chǎn)流失，因而應(yīng)降低計提比例。而且。醫(yī)療欠費不是醫(yī)院經(jīng)營失誤造成，而是社會原因造成，政府有責(zé)任解決這一問題，在醫(yī)療收費末提高到按成本收費的情況下，政府仍應(yīng)負(fù)擔(dān)一定的醫(yī)療欠費。(3)在年末計提壞帳準(zhǔn)備，會造成年末當(dāng)月的管理費支出增大，并不能真實反映每月的費用支出。因此，壞帳準(zhǔn)備應(yīng)每月按實際應(yīng)收醫(yī)療費進(jìn)行預(yù)提，年末調(diào)整，多減少補，以保證醫(yī)院經(jīng)營效益的準(zhǔn)確性。